PO WER stanowi odpowiedź na wyzwania i jednocześnie instrument realizacji Strategii Europa 2020. Program uwzględnia stojące przed Europą długofalowe wyzwania związane z globalizacją, rozwojem ekonomicznym, jakością polityk publicznych, zjawiskami demograficznymi, czy inwestycjami w kapitał ludzki. Poniżej przedstawiono najważniejsze wyzwania istniejące obecnie w zakresie poszczególnych obszarów wsparcia PO WER.